在高新技术企业认定时，企业往往会委托税务师（会计师）事务所对企业近3个会计年度的研究开发费用(实际年限不足3年的按实际经营年限计算)以及近1个会计年度的高新技术产品(服务)收入出具专项鉴证报告。在年度汇算清缴时，不少企业认为高新认定的研究开发费用是经税务师（会计师）事务所鉴证认定的，可以直接将鉴定报告中对应年度的研究开发费用作为基数，享受加计扣除的税收优惠。
其实，在企业研究开发费用归集上，高新认定时是依据科技部、财政部、国家税务总局发布的《高新技术企业认定管理工作指引》(国科发火〔2016〕195号，以下简称《指引》)进行的，而确定企业可以享受加计扣除优惠，依据的主要是国家税务总局财税〔2015〕119号通知、2015年第97号公告、2015年76号公告，两者的适用情况并不一样，不能混为一谈。新规规定的可加计扣除的研究开发费用，其口径要小于按照《指引》要求归集的研究开发费用。因此，高新技术企业进行研究开发费用加计扣除必须谨慎，一定要严格按照《通知公告》的规定进行研究开发费加计扣除，否则会存在较大的税务风险。
由于高新技术企业受到国家有关部门和各级政府的大力支持，各种名目的补贴往往比较多。例如，各种税收返还、财政奖励、技术创新奖励、专项研发项目补助等。但很多企业汇算清算时往往不区分各项补贴的收入性质，误把应税收入认为是不征税收入或免税收入，把不征税收认为是免税收入。
不征税收入是我国新《企业所得税法》中新创设的一个概念，是指从企业所得税原理上讲应永久不列入征税收入的范畴。根据规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
免税收入是一种税式支出，其本身已构成应税收入，但基于税收优惠政策而予以免除。它是国家根据经济政策目标的需要，在一定时间内免予征税，而在一定时期又可能恢复征税的收入，其支出允许税前列支。根据新《企业所得税法》第二十六条规定，免税收入分为以下四类：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入等。
因此，各项补贴收入性质认定是否正确，影响着应税收入、税前扣除项目、应纳税所得等的计算，最终影响应纳税额的正确与否，值得高新技术企业高度关注。此外，与研究开发活动相关的补贴，享受加计扣除时也要剔除，这也同样值得关注。
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