对一般小微企业来说，高企认定申报工作从流程管理的角度，总体上可分为申报准备期、申报期和申报后期三个时间段，每个时间段内均包含着重要的关键节点。这是一项最基础、最重要的工作，应该至少就在申报年度的上一年进行，或者再提前。自我评估应对照《高新技术企业认定管理办法》规定的认定标准来进行，主要是：
- 一是企业注册成立应超过一年，也就是至少能有上一年度的财务报表；
- 二是企业的产品、技术或服务应符合《管理办法》规定的8大领域；
- 三是核心自主知识产权，通常在申报时应拥有属于自己的核心知识产权（发明专利，实用新型和软件著作权等）；
- 四是企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%；
- 五是企业研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例按不同企业规模应达到3-5%以上；
- 六是企业近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%；
- 七是企业创新能力综合评价，主要包括核心自主知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、企业成长性等四项；
其实，这八大项评估内容也构成了高企申报材料的主干，每一项都是一票否决项，缺一不可。因此，申报企业通常会将评估工作贯穿于整个申报准备期的始终，通过对照评估发现不足和短板，及时查缺补漏和整改，最终全部同时符合要求后，再汇总形成申报材料。企业确定申报意向后，就应及时向所在地科技主管部门（一般是高新处、科）及时沟通汇报，而不必等到正式申报通知下发之后再沟通。目的是获得主管部门的关注和支持，得到及时有效的申报工作指导，会起到事半功倍的效果。
也就是确定是采取自主申报的方式，还是选择专业咨询服务机构代理申报的方式。一般中大型企业、科技创新管理体系健全的企业通常会采取自主申报的方式，其他中小微企业多选择由专业服务机构代理申报的方式。
即便是申报准备工作全由服务机构来承担，申报企业也不是无事可做。须全面配合服务机构做好申报材料所需素材的收集整理工作。通常企业应明确一个牵头负责人，统筹协调技术、生产、财务、人事及其他相关部门，才能做好做细这项工作。委托服务机构的企业可基本忽略这个环节，只是做好资料的完善和提供工作即可。自主撰写的应按照全面、细致、条理、逻辑、精炼的原则撰写，特别是相关的佐证资料和附件既要全面完整，又要突出重点，尤其是相关数据和科技项目名称会在不同的地方出现，必须注意其之间的逻辑和呼应关系。
申报材料初稿尽量争取在正式申报通知下发之前完成。以便有充足的时间进行修改完善。此时应认真学习研究申报通知，切实吃透通知要求，掌握申报方式方法。应按照通知具体要求，对申报材料初稿就进行反复修改。
同时注意与服务机构保持沟通，提醒做好材料修改工作。通常这个环节中，地方科技主管部门会邀请上级专家对所有申报企业的材料进行集中会诊，这个机会一定要珍惜，做好相关记录，认真做好修改。如主管部门不组织，企业或者服务机构也尽量自己邀请相关专家对材料进行审查。通常会分两步：第一步网上申报，第二步书面材料上报。书面材料一般应于通知截止时间提前一周到10天上报至所在地科技主管部门，注意印刷装帧质量。省级科技主管部门汇总各地申报材料后，将会集中时间组织专家进行评审。在这个过程中，各申报企业应及时与当地科技部门保持沟通，了解掌握评审信息。
评审过程中，评审专家对企业申报材料中的疑点和欠缺，要求申报企业提供书面说明或补充材料，必须在规定的时限内完成资料上报。通常评审结束后，会集中安排进行现场税务核查，一般会责成当地税务部门会同科技部门来进行，主要是核查企业纳税情况与申报资料相关内容的一致性。企业应积极主动做好配合工作，提供好相关纳税资料。
主要是上述的认定申报工作全面结束后，企业应进行一次彻底的自我检视，尤其是针对在整个申报过程中发现的问题和短板，逐一梳理，研究制订解决措施，认真加以整改完善，进一步健全企业科技创新管理制度。
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