由于不同的科技企业在高新资格认定和复审过程中面临的问题不尽相同，因而企业应当结合自身的实际情况和行业特点，有针对性的制定应对策略，以确保企业最大限度的符合高新技术企业认定的各项认定标准。以下是高新技术企业申请中面临的主要问题及应对策略的简要分析：
（一）正确选择企业所属的高新技术领域
企业产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围是申报高新技术企业的必备条件之一，否则不能申报；同时要求申报企业的主营产品（服务）所属的国家重点支持的高新技术领域必须具体到子目录，需要对领域进一步细化。
建议企业要严格依据《高新认定管理办法》与《高新技术企业认定管理工作指引》的规定，正确选择企业主营产品（服务）所属的国家重点支持的高新技术领域。
（二）证实企业研发费用的真实性
《高新技术企业认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管机关认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。
建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，或者计入辅助账，以全面反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。
（三）提高高新技术产品（服务）收入
《高新技术企业认定管理办法》规定的高新技术产品（服务）收入，是指企业通过技术创新、开展研发活动所形成的符合《国家重点支持的高新技术领域》要求的产品（服务）所获得的收入与企业技术性收入的总和。《高新认定管理办法》要求企业每年高新产品（服务）取得的收入要占到当年总销售收入的60%以上。然而实务中很多企业的高新技术产品（服务）收入的比例达不到这一标准。
建议企业应持续开展研究开发活动，有计划的组织调查、研究开发，提高企业的创新能力，加强技术改进。
（四）注重主营业务与核心自主知识产权的相关性
根据《高新认定管理办法》与《高新认定管理工作指引》的规定，对高新技术企业知识产权的要求是：
（1）指发明、实用新型、以及非简单改变产品图案和形状的外观设计（主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计）、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等。
（2）须在中国境内注册，通过自主研发、受让、受赠、并购获得的，并在中国法律的有效保护期内。以上规定有几个关键点需要企业关注：
第一，对企业知识产权的数量要求，根据《高新认定管理工作指引》规定，发明专利数量至少一个，其他的如实用新型、软件著作权等需要6个以上（地区不同，要求的知识产权数量会有差异）。
第二，拿到的知识产权授权书必须是中国知识产权局颁发授权的。在外国、或者香港、澳门、台湾地区获得的都不符合条件。
第三，知识产权所有权人问题，必须是企业自身，不能是专利的发明人个人、工程师等，这种情况必须要把专利转让、授权给企业本身，才有效。
第四，企业“核心自主知识产权”的核心性问题。按照复审机构的要求，企业核心自主知识产权的核心性体现在其与主营业务的关联性以及对主营业务的支撑性两个方面。关联性即核心自主知识产权应当与企业所从事的生产经营活动休戚相关，而不是在人事管理、财务等方面取得或使用的知识产权。支撑性则是指，该知识产权应当对企业开展主要经营活动、取得的主要收入是必要的，该知识产权的丧失可能会导致企业正常经营活动的无法开展。
核心性是“核心自主知识产权”最重要的特征，但在处理上却更多反映技术要求而非法律要求，体现技术内容与产品、收入的关系。对于拟开展高新技术企业认定（复审）的企业来说，其所运用的技术内容本身即是企业开展业务的根本，高新认定（复审）是对这种技术内容进行认可、鉴定和证明的过程，应当注意在该过程中对企业先进技术内容的保护。
（五）注重提高企业科技成果转化能力
科技成果转化能力是指企业对技术成果进行应用性开发，形成产品、服务、样品、样机的能力。主要考核企业最近3年内科技成果转化的年平均数，即企业平均每年科技成果转化需达到5项以上，三年内科技成果转化需达到15项及以上。技术成果转化判断的依据为：企业以技术成果形成产品、服务、样品、样机的能力。技术成果可以是项目本身，也可以是被同行认可的一种技术、工艺方法，专利等。
1.对于产品类项目成果转化，证明材料需提供购销合同、销售发票或第三方检测报告。企业自出的检测报告，产品说明书，用户使用/体验手册，质量检测报告等证明材料的证明力要弱于前者。
2．对于技术类项目成果转化，企业应提供与技术涉及产品相关的产品购销合同、销售发票、四技合同（技术转让合同、技术开发合同、技术服务合同、技术咨询合同）或第三方检测报告。
3.对于工艺类项目成果转化，企业应提供第三方检测报告、与该工艺有关产品的购销合同、销售发票等。如果企业项目或新产品、新技术、新工艺有经过各级政府（科委、发改委、工信部等）立项或鉴定，这些立项和鉴定材料也可作为成果转化证明材料。
企业还需注意购销合同的销售方必须是企业自己。技术转让合同证明效力最大，其次是技术服务合同，最后是技术开发合同，技术咨询合同无效。第三方检测报告证明效力最大，其次是企业自己出的检测或工艺报告。植物新品种和省级以上农作物审定（鉴定）证书均可作为技术成果的体现。
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